Le modalità disponibili sono 3:
1) IDE; in questa modalità le porte sata si comportano come porte ide tradizionali; è garantita la massima compatibilità ma si perdono le caratteristiche avanzate del protocollo, come la possibilità di rimuovere le periferiche "a caldo" (cioè durante il funzionamento del sistema) proprio come si fa con le periferiche usb, per esempio, e il cosiddetto NCQ, una funzionalità avanzata per la gestione dell' I/O. In termini pratici non si notano differenze mantendendo le porte sata come ide (ho fatto personalmente alcune prove).
2) AHCI; questa è la modalità sata nativa, sono presenti tutte le caratteristiche avanzate del protocollo; rovescio della medaglia: durante l'installazione di Windows è necessario fornire i driver del controller (non necessari se il controller sata è mantenuto in modalità ide), e se si installa XP è necessario preparare un dischetto floppy, non è possibile usare altri supporti (penne usb, cd-rom, ecc.). Nell'utilizzo desktop normale non si notano benefici prestazionali particolari, la funzionalità più comoda è forse la possibilità di disconnessione a caldo, utile se si collega una porta e-sata al controller e se si hanno dischi esterni con interfaccia e-sata.
3) RAID; abilitando la modalità raid si ha la possibilità di creare volumi formati da più dischi per aumentare le prestazioni o la sicurezza a seconda della modalità che si sceglie; anche in questo caso non si può tornare indietro, anzi, è peggio delle modalità precedenti perché se si scioglie una catena raid tutti i dati presenti sui dischi vengono cancellati. Anche in questo caso sono necessari driver appositi per l'installazione di Windows.
Questa è la scelta disponibile, altro non è possibile fare con le porte sata.
P.S.: SATA = Serial ATA