Anche io credevo, anzi ero sicurissimo, che non c'entrasse nulla il fatto che la scheda SD su cui fare "dd" avesse un filesystem piuttosto che un altro. Fatto sta che ho fatto mille tentativi partendo con la SD in EXT4 e continuavo a non riuscire a leggere in nessun modo la partizione appena creata e a non riuscire a montarla. Niente mount, niente fsck, niente badblocks, nemmeno fdisk -l trovava nessun filesystem lì sopra... e da Gparted mi diceva "filesystem sconosciuto". Dopo averla formattata in fat32 con gparted ho ri-lanciato il trasferimento dell'immagine con dd e sono riuscito a leggere le partizioni appena create, a montarle, ad estenderle e, soprattutto, ad utilizzare la SD col Raspberry.
Il perchè non lo so, ed a rigor di logica varrebbe quello che hai detto tu. Però per qualche strano motivo se partivo da una scheda in EXT4 non funzionava nulla, se partivo con una scheda in FAT32, dopo aver dato lo stesso comando, le due partizioni (/boot e /) sulla schedina risultavano leggibili