Che controller usi?. che problemi ti da?
Se ti riferisci al settaggio dei tasti ( ma non credo ) devi semplicemente andare nelle impostazione dei comandi e scegliere quale ti piace di più.
Se ti riferisci al fatto che ti legge il pad in modo sbagliato nel senso che l'analogico destro non funziona proprio e alcuni tasti sono sballati..è dovuto al fatto che non tutti i pad sono compatibili con fifa, il quale ti permette si di usarli ma con questi difetti.
L'unico modo per risolvere il problema almeno fino a Fifa 16 era sostituire alcuni file conf della cartella del gioco con qll di Fifa 11, sembra strano ma così funzionava.
Se mi fornisci più info ti aiuto.