Perderai solo il segnale tachimetrico che è veicolato dal cavo giallo. In linea di massima il nero è a massa, il rosso porta corrente, invece sulla ventola precedente dove c'era marrone e nero presumo che il marrone sia la fase che porta corrente e il nero sempre la massa (attenzione che negli impianti civili la cosa potrebbe differire dato che il nero porta anch'esso la fase di norma).
In pratica sulle tue ventole puoi collegare il nuovo rosso dove prima stava il marrone, e il nuovo nero dove prima stava il vecchio nero; il giallo lo lasci senza contatto. Teoricamente a meno che la precedente ventola non avesse un miniconnettore due pin puoi installare la nuova inserendo semplicemente il connettore 3pin (immagino ci sia questo e non il molex a 4 pin) nel connettore due pin della scheda madre lasciando ovviamente fuori il pin del giallo (che non trova la corrispondenza nel connettore della motherboard); mi raccomando solo di controllare che i connettori siano compatibili tra loro perchè nella scheda madre come dicevo sopra potrebbe esserci un 2 pin di quelli "mini" e quindi non compatibile con quello a 3 pin nuovo.