Di solito si consiglia di scollegare perchè, soprattutto se l'utente è poco esperto, se non si ha collegato l'ssd sulla porta più bassa (sata_0 o sata_1, dipende dalla mobo) e nella porta con il n° più basso c'è invece collegato un hdd, la partizione di avvio verrebbe creata su quest'ultimo. Così per non stare ad indagare come è stato collegato l'ssd, si lascia solo quello e siam tutti sicuri che la partizione verrà creata su ssd e non su hdd.
Nel tuo caso quindi, se sei sicuro di aver rispettato l'ordine delle porte, non scollegare. Se invece non sei sicuro, allora stacca i connettori sata degli hdd che fai prima.