c'entra eccome, invece...
quel file di configurazione non fa altro che impostare localhost come primo dns, nel caso questo non sia disponibile, imposta i dns di dns.watch (cosa che non succederà mai, in realtà). il lavoro sporco lo fa dnscrypt, andando a cifrare i dns "e facendoli passare da localhost".
nel tuo caso, non essendoci dnscrypt, stai semplicemente navigando senza impostare nessun dns. se levi nameserver 127.0.0.1 al 99.9% ti setta quelli di dns.watch non cifrati.
fai una cosa, leva nameserver 127. riavvia e vedi se ho ragione. se sì, significa che la persistenza di /etc funziona correttamente e questo ci permette di concentrarci sulla persistenza di dnscrypt-proxy.
se non funziona... chiamiamo il centro di controllo Houston ahahahah