Chkdsk è pesante e solitamente ripara il file system fregandosene bellamente dei nostri dati.
Sconsiglio di utilizzarlo come prima soluzione (ma anche come seconda, terza, ecc)
Proverei prima a vedere se risponde ai software di esplorazione dei dati smart (crystaldiskinfo) su windows o da qualche distribuzione linux.
Sospetto possa trattarsi di un problema della scheda o/e del cavetto ma sopratutto ...che modello di disco è?!!