Setta la sequenza di Boot nel BIOS. Puoi variare l'ordine col quale il pc cerca il bootloader del sistema operativo oppure un'unità comunque avviabile. Quando installi da chiavetta metti la chiavetta come primo dispositivo di boot in modo tale che carica l'installazione di windows all'avvio. Poi procedi con l'installazione. Quando riavvierai per procedere al primo avvio di windows dopo l'installazione togli la chiavetta e si setterà in automatico il dispositivo, nel tuo caso l'SSD, su cui è installato il sistema operativo.