La chiavetta d'installazione di windows contiene l'OS originale o scaricato da qualche torrent?
Se la chiavetta d'installazione è infetta, allora potresti avere un virus che gira in background sul tuo sistema dal momento in cui l'installazione viene terminata.
Alcuni virus potrebbero inoltre creare una zona nascosta sul hdd (DCO o HPA) e nascondere una copia di se stessi li.
Anche alcune schede madri, ad esempio le Gigabyte, sono in grado di creare un DCO sul hdd per installare una copia di backup nascosta del BIOS, quindi il DCO e l'HPA sono cose normali, quello che è preoccupante è quello che potrebbero contenere.
Verifica con HD Tune esattamente la quantità di settori che vengono visti dal tuo sistema, se l'hdd è da 500 GB allora dovrebbero essere 976.773.168 settori, se ne vede di meno allora quasi certamente c'è un DCO o un HPA installato.
P.S.
Se crystaldisk commenta che il tuo hdd è in buono stato, non vuol dire che sia davvero così, sarebbe meglio dare un'occhiata almeno ai valori raw degli attributi smart per valutare meglio le condizioni di un hdd.