Si, potrebbe esserci qualche condensatore o qualche mosfet danneggiato sulla mobo.
Questi potrebbero influire sul comportamento delle periferiche usb, possono anche influire sul corretto funzionamento dei chipset principali della mobo.
Il southbridge è il chip dedicato al controllo della comunicazione tra usb e processore/ram, potrebbero esserci dei condensatori e/o dei mosfet che lo fanno funzionare male oppure qualche cattiva saldatura bga sotto lui.
Se il southbridge fosse danneggiato allora avresti molto probabilmente anche problemi nel caricamento del bios e/o di riproduzione audio e/o trasferimento/accesso dati sugli hdd interni oltre al problema di avvio periferiche usb.
Considerando però che non hai tutti questi problemi e che comunque le periferiche usb sembrano funzionare se le tieni collegate all'avvio, non penso che il southbridge sia guasto ma semplicemente mal funzionante.
P.S.
Hai provato a collegare le periferiche usb prima d'installare i driver usb forniti da msi?
Potrebbero essere quei driver buggati, un alternativa per essere certo che non si tratti di un problema di drivers sarebbe quella di installare un sistema linux e vedere se si comporta allo stesso modo, se fa uguale allora è certo che si tratta di un problema hardware.