Io non son esperto nonnevabeneuno,e spero che vi sia qualcuno che riesca ad aiutarti.
Mi sembra di avere capito che te hai due HD,ed in uno hai installato Windows,mentre nell'altro hai installato Mountain Lion.
Quando hai installato Mountain Lion,non hai scelto il boot loader?Perchè lo hai installato dopo avere installato Mountain Lion?
Inoltre,la configurazione del boot loader sei sicuro sia corretta?
Io sino ad ora ho solamente installato Mac OS X Lion 10.7 su Virtual box.
Infine,scusa per il paragone a seguire che per certi aspetti è incongruo.
Anni fa avevo un PC con due Hard disk,ed in uno avevo installato Windows.Decisi così di installare una distribuzione Linux sull'altro,
e la "distro" che scelsi mi vide il dual boot e me lo configurò persino,ma dopo il sistema non si avviò correttamente.
Installai così una "distro" Linux completamente diversa,la quale configurò immediatamente il boot loader in modo corretto.
E' evidente che nel primo caso il boot loader andava configurato manualmente.
Mi spiace di non esserti stato di aiuto,ma se vuoi prova a reinstallare il boot loader,e chissà che io o qualcuno sicuramente più esperto di me che c'è nel forum riusciamo in qualche modo a darti un aiuto,eventualmente dopo che ci riporti le opzioni della schermata del boot loader.