Con la crittografia hardware (SED), la decrittazione e l'accesso ai dati avviene al volo (cioè una volta inserita la password si ha immediatamente accesso ai dati senza alcuna attesa in quanto è la MCU della scheda controller del hdd che si occupa direttamente di decrittare la chiave che è salvata in una zona 'speciale' del disco e che tra l'altro non è accessibile tramite i normali software o tramite il sistema operativo).
Al contrario, la decrittazione software (esempio bitlocker), impiega un pò di tempo perchè dipende dal processore del pc e poi sembra non essere più tanto sicura perchè recentemente è stato trovato un modo per forzarne l'accesso sfruttando una vulnerabilità dell'aggiornamento a windows 10, leggi qui:
http://www.dday.it/redazione/21739/falla-sicurezza-aggiornamenti-windows-10-bitlocker
Se il pc in cui si ha un hdd SED viene lascito in standby, chiunque potrebbe accedere ai dati finchè non viene spento fisicamente. Invece con la crittografia SW bisogna inserire nuovamente la password.
La crittografia SW però è vulnerabile a corruzione del filesystem, attachi virus ecc, per cui a causa di questi problemi potrebbe corrompersi la chiave e non avere più accesso ai dati, questo invece non accade con la crittografia HW, a meno che non si danneggi fisicamente la porzione del disco in cui è salvata la chiave di decrittazione.
In entrambi i casi, se la chiave si corrompe o viene persa, i dati non saranno più accessibili (con la crittografia SW è più facile che accada una situazione del genere).
Il recupero dati in caso di malfunzionamenti su hdd crittografati sicuramente è più complicato, ma potrebbe anche risultare impossibile, se la chiave non è più accessibile si perdono tutti i dati.
Sta all'utente fare le dovute valutazioni per scegliere quale delle due è meglio in base alle proprie esigenze, io personalmente non uso alcuna crittografia perchè non ho niente di così importante da proteggere, a parte pochi files che tengo protetti all'interno di un archivio RAR crittografato. Se si hanno pochi files da proteggere, sconsiglio di crittografare l'intero hdd.