Buongiorno.
Su Windows al momento seleziono il secondo hard disk come destinazione per l'installazione dei programmi, come posso fare la stessa cosa con un sistema Gnu/Linux?
In generale il trucco è aggregare pure dischi fisici in un unico disco logico. Questo è possibile se usi LVM o un filesystem che supporta tale funzionalità ( per esempio Btrfs ).
Aggregghi più volumi fisici e li vedi come un unico disco logico. Per cui la separazione tra i due scompare.
Esistono però altre strade. Una è quella di montare il secondo disco, leggere tutti i file d'interesse ( e il problema degli Unix è che sparpagliano i file dei programmi tra /etc, /usr/bin, /usr/share, /usr/lib e altri punti ) e creare dei symlink nella relative directory sul primo disco.
Un'altra possibilità ancora, potrebbe essere usare un disco molto grande come storage e, tramite un filesystem che supporti il caching ( bcachefs, zfs, ecc... ), usare un disco più piccolo come cache. Ovviamente non va bene nel tuo caso, perchè hai già un disco pieno di roba.
Infine c'è mergerfs, un overlay filesystem che fonde dinamicamente più sorgenti di dati. Il bello è che distribuisce le scritture in base al livello di riempimento dei vari dischi/partizioni sottostanti.
Complessivamente, se il secondo disco è installato in maniera permanente nel computer, il consiglio è di usare la soluzione più "automatizzata" e chiavi in mano, cioè Btrfs. Il problema è che è un filesystem e quindi ( se non hai già installato il sistema su Btrfs ) dovrai per forza formattare e reinstallare.