Di default, le linee PCI Express dedicate allo slot M.2 sono di tipo 2.0, e permettono di raggiungere una velocità massima teorica di 10 MB/s: questa è l'attuale impostazione del tuo slot, e le prestazioni sono in linea con quanto ottenibile con linee PCI Express 2.0. MSI, se ho interpretato bene il manuale, ha implementato uno switch per destinare allo slot M.2 alcune linee PCI Express 3.0, permettendo di raddoppiare la velocità teorica. Entra nel bios, vai sotto "Settings" -> "Advanced" -> "PCI Subsystem settings" e controlla le impostazioni relative allo slot ("M.2 PCH Strap"), vedi se è possibile fare come ho detto, cioè impostare lo slot in modalità PCI Express 3.0. Il manuale non riporta le possibili impostazioni di questa voce, prova a vedere tu.
Per quanto riguarda le impostazioni relative al boot, non è possibile utilizzare un SSD PCI Express M.2 se il boot è impostato in "legacy mode". Di default, il boot è impostato in "Legacy + UEFI" ("Settings" -> "Boot" -> "Boot Mode Select"); per usare il disco SSD come disco di boot occorre impostare "UEFI", oppure in alternativa, sotto "Settings" -> "Advanced" -> "Windows 8/8.1 Configuration" impostare "Windows 8/8.1 Feature" su "Enabled". Queste impostazioni servono ovviamente solo se intendi usare il disco SSD come disco di sistema, ma immagino che tu non lo voglia usare come disco di storage...
P.S. Fotografare il monitor per allegare le schermate dei programmi non è il massimo... fai in questo modo: apri il programma di cui vuoi catturare la finestra attiva (in questo caso HD Tune), premi la combinazioni di tasti ALT+STAMP, quindi apri il programma Paint, seleziona "Incolla", e la schermata verrà incollata in un nuovo file. ;) A questo punto, potrai salvare l'immagine come jpg e allegarla nel forum. ;)