I sistemi operativi Windows hanno problemi con pennini usb partizionati (vedono solo la prima partizione primaria del pennino). Detto questo basta (si fa per dire) utilizzare il comando diskpart...
Una volta avviato usa il comando "list disk" per identificare il pennino (dalle dimensioni del disco), quindi "select disk X" (con al posto dell'X il nr relativo al pennino usb). Quindi "clean" (ATTENZIONE questo comando CANCELLA le partizioni esistenti sul disco selezionato, quindi se selezioni il disco sbagliato potresti perdere un botto di dati!!!). Quindi "create partition primary size=XXXXX" (con al posto di xxxx la dimensione in Megabyte); ripeti il comando sino a creare il nr di partizioni interessate (mi pare massimo 4)...
Dovrebbe bastare così, eventualmente "list partition", "select partition X" e "format fs=ntfs" per ogni partizione creata sul pennino...