Ahci imposta il linguaggio con cui parlano la porta sata e l'ssd o l'hdd. Se la porta è in modalità ahci, il sistema operativo che installi, deve essere di conseguenza, compatibile (installato in ahci). Per questo un hdd con dentro windows installato come ide, non si vede più quando la porta la setti su ahci (dal bios).
Ahci è un protocollo più completo e da risultati migliori con un ssd (prestazioni, gestione energia, ecc). Quindi è consigliato metterlo nel bios, non obbligatorio.
Se hai già un disco hdd con windows in ide e vuoi installare un ssd in ahci occorre che stacchi l'hdd, cambi nel bios da ide a ahci, installi windows su ssd (in ahci), verificando il corretto funzionamento. Riattacchi in un ennesimo riavvio l'hdd e li verranno assegnate delle lettere progressive a seconda del partizionamento originale.
In una delle partizioni, ritroverai le vecchie cartelle di sistema e i tuoi dati.
In Windows 7 sarai con il sistema operativo in ahci, con una partizione C ma avrai visibile le partizioni del vecchio hdd senza problemi.
