Non vedo dov'è il problema: il cavo cerchiato nelle prime due foto è il cavo di alimentazione della ventola, non dovrai far altro che staccarlo dalla scheda madre, installare la scheda usb 3.0, poi collegarlo nuovamente facendolo passare a fianco della scheda. Se ci fossero problemi, puoi benissimo svitare la ventola e rimontarla in un altro modo, spostando così il cavo. Nella terza foto hai cerchiato il cavo di rete, che non crea alcun problema con l'eventuale scheda usb 3.0, la quale sarebbe montata più in basso.
Non esistono schede usb 3.0 PCI, quindi l'unica soluzione è montare la scheda dove indicato, oppure rinunciare alle porte usb 3.0.