Non possiedo la scheda in questione, ma la risposta è semplice, in quanto vale per tutti i modelli, sia AMD che Intel, che si trovano a dover gestire 16 linee PCI Express per la grafica: lo slot secondario serve per un'eventuale seconda scheda grafica, e per questo è stato progettato. Le 16 linee PCI Express convergono verso lo slot primario, lo slot secondario è una "derivazione", chiamiamola così, e l'eventuale installazione di una scheda su questo slot, fa suddividere le linee PCI Express in due blocchi da 8. È impossibile far convergere tutte le 16 linee verso lo slot secondario, è un preciso limite che credo sia dovuto al chipset, o comunque è un limite di progettazione, e non è aggirabile in alcun modo.
Nel caso specifico, lo slot indicato in rosso è proprio lo slot secondario, quindi vale quando detto sopra: se vuoi che la scheda grafica sia collegata in modalità 16x, dovrai obbligatoriamente utilizzare lo slot primario, quello più in alto, il secondario funziona in modalità 8x e non è possibile far diversamente.