L'unica certezza che hai sugli hdd è che si romperanno. Poi ovvio che un hdd che sta acceso 24/7 a 50 gradi si rompe statisticamente prima dello stesso che sta acceso 6 ore al giorno ben ventilato a 35, però la realtà è che anche quest'ultimo si può rompere in qualsiasi momento quindi certezze non ne hai, anche se li tratti benissimo.
Il chkdsk non fa danni ma è possibile che il tuo hd stesse già partendo di suo ed il chkdsk, che lo stressa, abbia peggiorato la situazione. Quando un hd ha problemi con le testine più lo usi più finisci per far danni.
Riguardo il NAS, non passare dall'eccesso di imprudenza (no backup) all'eccesso opposto. Il NAS è una cosa (costosa) che può essere utile solo in determinate circostanze (ad esempio il bisogno di avere dati sempre accessibili da più dispositivi), anche se adesso va di moda e tutti pensano subito "mò mi faccio un nas". Se il tuo scopo è semplicemente salvaguardare i tuoi dati, quello che a te serve è un HD esterno su cui copiare i dati a cui tieni, ancora meglio, 2 hd esterni, separati tra loro, se i tuoi dati sono veramente impotanti. Non farti paranoie sul plug&play, tranne che tu non abbia intenzione di attaccare/staccaee l'hd via USB 10 volte al giorno, non c'è nessun problema di rovinarli prima. Come ti è stato detto, ti fai il backup di quello a cui tieni ogni settimana (o quando c'è qualcosa di sostanziale di nuovo) e vivi tranquillo.
Il NAS non è una soluzione di backup.
