E' nato! THG Italia Folding@Home Team

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Oggi, 09 Ottobre 2005 A.D., è stato dato alla luce il nostro nuovo team per Folding@Home. Congratulazioni a tutti! E' nato! :luxhello:

Il numero identificativo del team (ID number) è:
46729

Dovrete specificare questo numero nelle configurazioni dei vostri client se volete aderire al nostro team.
Di seguito riporto la mini-guida di base:

Folding@Home - Home page http://folding.stanford.edu/

Si tratta di un progetto di calcolo distribuito promosso in maniera nonprofit dall'universita' di Stanford per combattere malattie come l'Alzheimer, il morbo di Parkinson, la BSE (mucca pazza) ed altri morbi derivanti da "deviazioni genetiche".
Scaricando un client che lavorera' in background esclusivamente nei tempi di idle del sistema (cioe' quando non vengono utilizzate risorse da voi o da un altro task in esecuzione), potrete contribuire in maniera importante alla lotta contro queste terribili malattie.
Attualmente a questo progetto lavorano a livello mondiale piu' di 200.000 cpu(per ulteriori dettagli clicca http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=cpustats , con una potenza di calcolo di quasi 200.000 GFLOPS.

Il progetto e' ampiamente supportato anche da Google, Intel e IBM.

Pagina FAQ http://folding.stanford.edu/faq.html

Abbiamo fondato il THG Italia Folding@Home Team, il cui numero identificativo e' 46729. Segnatevi questo numero, perche' se vorrete apparire come membri del nostro team lo dovrete indicare nelle impostazioni di configurazione.
Scaricate il client e dopo la configurazione tutto partira' in modo automatico. Il server vi inviera' un pacchetto che il vostro processore elaborera' spedendo poi via internet i risultati dell'elaborazione.
IMPORTANTE: e' raccomandato un sistema con processore piuttosto veloce, perche' la mole di calcoli per ogni unita' di lavoro e' abbastanza elevata. Non si pretende un superprocessore, ma evitate per esempio PentiumI a 200MHz: una workunit finirebbe dopo qualche settimana e verrebbe automaticamente scartata perche' oltre i limiti di deadline.

Pagina per il download dei clients: http://folding.stanford.edu/download.html

Client per Windows in versione CONSOLE (quello che preferisco):
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Console.exe
Client (grafico) x Windows 2000/NT/XP: http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/Folding@Home503.EXE
Client (grafico) x Windows 98/ME: http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/Folding@Home4.EXE
Client (console) x Linux: http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Linux.exe
Ci sono anche clients per MAC, ma data la mia assoluta ignoranza in materia vi rimando alla pagina dei download sopra indicata.

Alcune istruzioni per la configurazione
Faro' due esempi per la configurazione, uno per un client grafico Windows XP/2000 e l'altro per un client console (come Linux o la versione console per Windows). Consiglio caldamente le versioni CONSOLE.

Windows NT/XP/2000:

1 - User
Ci sono due campi da compilare:
User name: mettete il vostro nickname o identificativo.
Team number: mettete 46729 (IMPORTANTE!!!E' il n° del team)

2 - Connection:
Ask before connecting: se non avete una connessione 24h/24 selezionatela (vi verra' richiesta la connessione per prendere/inviare i dati di elaborazione), altrimenti lasciate deselezionato.
Use Internet Explorer setting/set a proxy server: se siete dietro a firewall o altro e non potete uscire con i settaggi di Explorer, settate manualmente un eventuale proxy.
Allow receipt of work > 5MB: da' il permesso di lavorare su unita' "pesanti". Selezionate se avete almeno un P4 o Athlon64.

3 - Display
Lasciate le opzioni di default, non e' importante.

4 - Advanced
Core priority: lasciate su "lowest possible", cioe' il client calcola solo quando non ci sono altri task attivi.
CPU usage percent: consiglio 80-90%. Se lo mettete al 100% controllate le temperature del sistema dopo un po', non si sa mai... se qualcuno e' in overclock pesante il processore potrebbe scaldarsi troppo! (io lo tengo al 100% :D )
Check pointing freq: e' il tempo che intercorre fra salvataggi successivi del lavoro, per eventuali resuming successivi. Lasciate pure quella di default, come per tutti i campi rimanenti.

Linux (Windows):

I client console come quello per Linux(Windows) permettono di utilizzare anche piu' processori sullo stesso sistema (utile anche in caso di Hyper-Threading).
Createvi una directory diversa per ogni processore installato sul sistema. Il client va copiato in ognuna delle directory e lanciato separatamente.

Queste sono le opzioni che si possono eseguire:
Usage: FAH504-Linux.exe [-option1] [-option2] ... (FAH504-Console.exe [-option1] [-option2])

Options:
-config Configure user information
-configonly Configure user information, then exit
-queueinfo Get information on queued work units
-delete x Delete item #x from work queue
-send x Send result #x to server then exit. Use x=all to send all results
-verbosity x Sets the output level, from 1 to 9 (max). The default is 3
-pause Pause after finishing & trying to send current unit
-oneunit Exit after completing one unit
-forceasm Force core assembly optimizations to be used if available
-advmethods Use new advanced scientific cores and/or work units if available
(solo per Windows):
-service Run in service mode (avvio automatico in background)
-local Use configuration files from local directory. Importante per Hyper-Threading e multiprocessori.
(solo per Linux):
-freeBSD Make brandelf system call on downloaded cores.
-openBSD Make elf2olf system call on downloaded cores.

Digitate (dalla directory dove avete copiato il client):
FAH504-Linux.exe -configonly (oppure FAH504-Console.exe -configonly)

e potrete configurare il client.

User name: il vostro nick
Team number: digitate 46729 (IMPORTANTE!!! E' il n° del team)
Ask before sending/receiving: no per connessioni 24h/24, yes altrimenti
Use proxy: yes o no, dipende se ne avete bisogno. nel caso di yes, vi chiedera' i settaggi del proxy.
Allow receipt of work units large than 5MB: come per il client Windows
Change advanced options: no (per multiprocessore yes)
(Se rispondete yes, alcune advanced options importanti:
*Machine ID: 1 di default. E' il numero che indica su quale processore verra' lanciato il client. (Per sistemi multiproc, digitate 1 per il primo client nella prima directory. Quando configurerete l'altro client nell'altra directory, digitate 2 e cosi' via).
*Interval between checkpoints. Minuti che intercorrono fra ogni salvataggio automatico del lavoro. Io di solito metto 5 oppure 10).

Dopodiche' digitate FAH504-Linux.exe (FAH504-Console.exe) e siete a posto!!!

Mi auguro che un gran numero di voi aderisca a questa iniziativa.
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IMPORTANTE - Qualche precisazione
Non preoccupatevi se per ora non vedete apparire le statistiche. Appariranno il giorno successivo al completamento della prima unità di lavoro.

Tutti i settings dei clients sono ovviamente riprogrammabili piu' in la' se uno vuole effettuare modifiche. Col client grafico dal menu a tendina cliccando col tasto destro sulla tray icon a forma di ruota dentata, col client console digitando FAH504-Console -config (configurazione e poi avvio) oppure FAH504-Console -configonly (solo configurazione).

I risultati sono di pubblico dominio, e la Stanford non ne trae vantaggio economico diretto, ma solo per quanto riguarda il prestigio del promotore del progetto, tale professor V.S.Pande.

Per qualsiasi chiarimento sono disponibile e cercherò di aiutarvi nel miglior modo possibile.
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For dummies:
In parole brevi e concise:
-Tu scarichi il programmino (client) che si occuperà di fare tutto
-Il client chiede via internet ai server centrali che cosa deve fare
-Poi, senza bisogno di essere connessi, il tuo PC elabora i dati ricevuti (nei tempi morti, senza dare fastidio)
-Alla fine del lavoro, il tuo PC ti chiede ancora la connessione per rispedire indietro i dati e i risultati.

CHE COSA viene calcolato? Per essere mooolto generici, come una proteina o una molecola può generarsi in maniera SBAGLIATA e le cause legate a questo. Tipo le cellule cancerogene, per intendersi.

Ah, per inciso... non c'è bisogno di lasciare il PC sempre acceso, naturalmente. Il lavoro viene ripreso dal punto dell'ultimo salvataggio automatico.
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Ultima modifica:
Clients di calcolo per utilizzo con schede video ATI di ultima generazione
Utilizzo sconsigliato a chi approccia a Folding@Home per la prima volta, in quanto questi clients richiedono un minimo di conoscenza su come funzionano i clients "classici" per CPU.

Thread di riferimento: Driver 6.10 e Folding Home! Partecipate anche voi!
Ultima versione del client gpu (per schede video) console: download
Richiede DirectX 9.0c o superiori.
Pagina di riferimento/faq sul sito ufficiale Stanford: Folding@Home on ATI GPU's
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Altre specifiche sui client classici per CPU versione Console:
Per tutti coloro che abbiano l'impressione di avere dei problemi drastici con il client per Windows in versione grafica: provate il client per Windows in versione CONSOLE, scaricabile da qui:
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/release/FAH504-Console.exe

E' molto simile al client console per Linux e non dovrebbe creare nessun conflitto di sistema. Raccomando di configurarlo in modo SERVICE, così opererà in background in maniera "trasparente".
Per chiudere in qualsiasi momento il client console senza fare casini, la combinazione di tasti magica e' CTRL-C (caro buon vecchio DOS :biglaugh: ). NON premere sulla "X" della finestra.
Se il client invece e' installato come servizio, andate su Strumenti di Amministrazione -> servizi -> individuate il servizio di F@H e arrestatelo.

E qui, infine, la mia mini-guida per una corretta impostazione dei client console su sistemi dual core / hyper-threading / multiprocessore:
http://www.tomshw.it/forum/showthread.php?p=188223#post188223
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Link utili - Statistiche

Statistiche su F@H di THG Italia Folding@HomeTeam

Pagina generale Stats F@H (Users, Teams, Servers, Projects)

Riepilogo progetti e descrizione tabellare Work Units (anche con punti assegnati)

Statistiche su ExtremeOverclocking di THG Italia Folding@Home Team (grafici e previsione overtake) - ATTIVATO! (siamo nei primi 600 teams!):
Teams overall rank - classifica generale
Team Summary - Riepilogo produzione degli ultimi mesi/settimane/giorni/ore
Team Overtake - Proiezione della scalata delle posizioni in classifica
Extra Info - Grafici produzione giornaliera/oraria
Statistiche individuali

Statistiche su F@H Stats:
Riepilogo Team
Statistiche individuali
 
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1. COS'E' IL FOLDING PROTEICO
Le proteine sono dei composti organici molto complessi, che vengono sintetizzati dagli organismi viventi (animali e piante) utilizzando una serie di “mattoncini elementari” chiamati “amminoacidi”. Gli amminoacidi che formano le proteine sono 20 in totale.

Le funzioni svolte dalle proteine sono talmente numerose, che elencarle e discuterle tutte richiederebbe un libro di centinaia di pagine. Riassumendo, possiamo dire che hanno 2 funzioni principali:

1.Funzione strutturale : le proteine costituiscono il materiale strutturale di cui sono formati i capelli, le unghie, la pelle, gli artigli degli animali (alfa e beta-cheratine), i tessuti connettivi come i tendini (collagene) ed i nostri muscoli (miosina e actina).
2.Funzioni regolatorie e di trasporto: gli enzimi, che regolano i processi metabolici del nostro corpo, sono tutti delle proteine. L’insulina, l’ormone che regola il metabolismo del glucosio e che viene somministrato ai diabetici, è anch’esso una proteina. Emogoblina e Miogoblina sono le proteine responsabili del trasporto dell’ossigeno nel sangue e nei tessuti. Anche gli anticorpi, che hanno il compito di difendere il nostro organismo dalle aggressioni esterne, sono delle proteine.

Le proteine vengono sintetizzate a partire dal DNA, che contiene al suo interno tutte le informazioni necessarie per creare la corretta sequenza di amminoacidi che formerà la proteina.

La successione di amminoacidi all’interno di una proteina costituisce la struttura primaria. Gli amminoacidi che formano le proteine sono solo 20, ma questi si possono ripetere più volte lungo la catena. Proteine di piccole dimensioni contengono un centinaio di amminoacidi, mentre le proteine più grandi contengono fino a 10.000 – 20.000 amminoacidi.
Ecco una rappresentazione schematica della struttura primaria di una proteina, in cui ogni pallina corrisponde ad un amminoacido.




Veniamo adesso al nocciolo della questione, ovvero quello di cui si occupa concretamente il progetto Folding@Home.
Affinché una proteina svolga correttamente le funzioni per cui è stata sintetizzata, non deve essere rispettata solo la struttura primaria, ma anche la sua struttura secondaria, terziaria e quaternaria.
La struttura secondaria è una struttura spaziale regolare e ripetitiva, può essere di 2 diversi tipi: α-elica (in cui la catena proteica si avvolge come una vite) e foglietto pieghettato β (in cui la catena proteica assume una struttra planare)



La struttura terziaria riguarda la disposizione delle alfa eliche e dei foglietti beta in strutture ancor più complesse chiamate “domini” o "subunità".
In figura vediamo un esempio di struttura terziaria. Evidenziate in rosso le alfa-eliche e in giallo i foglietti beta.



La struttura quaternaria è la disposizione spaziale di ciascuna subunità. In figura, è mostrata la disposizione spaziale delle 4 subunità (alfa1, alfa2, beta1, beta2) che formano l’emoglobina umana.

Conoscere la sequenza amminoacidica di una proteina (la struttura primaria) ci dice ben poco circa le sue funzioni, infatti per svolgere correttamente le proprie funzioni, le proteine devono assumere una corretta disposizione tridimensionale (la struttura secondaria, terziaria e quaternaria di cui abbiamo appena parlato). Il processo di avvolgimento delle proteine in una struttura tridimensionale organizzata e regolare, viene chiamato folding (dall’inglese TO FOLD = piegare).

Si ritiene che malattie come il morbo di Alzheimer, il morbo di Parkinson, il morbo della mucca pazza (noto anche come BSE = encefalopatia spongiforme bovina) e molti tipi di cancro, siano il risultato di un processo non corretto di folding delle proteine (misfolding).
La conclusione a cui si è pervenuti è che: IL CORRETTO AVVOLGIMENTO (FOLDING) DI UNA PROTEINA È CRITICO PER IL CORRETTO FUNZIONAMENTO DELLA PROTEINA STESSA.

Per comprendere come le proteine possono avvolgersi, è necessario effettuare delle simulazioni al computer, utilizzando programmi specifici. Credo che F@H utilizzi il software GROMACS. Potete verificare questo aprendo il file logfile_01.txt che si trova nella cartella C:\Documents and Settings\NOME UTENTE\Dati applicazioni\Folding@home-x86\work. Leggerete la dicitura: Folding@Home Gromacs Core Version 1.90 (March 8, 2006)

Se si considera che il numero di amminoacidi presenti in ogni proteina è dell’ordine di [FONT=&quot]100 – 10.000 [/FONT](vedi struttura primaria), è facile capire queste enormi molecole (macromolecole) possono avvolgersi in un numero enorme di modi differenti!!

2. QUALI OPERAZIONI ESEGUE IL PROGRAMMA DI F@H?
Ogni qual volta avviate F@H, il vostro computer esegue una serie di calcoli atti a simulare il modo in cui una proteina può avvolgersi, tenendo conto di tutte le forze interatomiche che si stabiliscono tra le centinaia di migliaia di atomi che formano la proteina (abbiamo detto che le proteine più grandi hanno un numero di amminoacidi dell’ordine 10.000 – 20.000, ma ogni amminoacido è formato da circa 10-20 atomi, quindi il conto è presto fatto!).
In definitiva, F@H È UNA SIMULAZIONE VIA SOFTWARE DELLA STRUTTURA SECONDARIA, TERZIARIA E PRIMARIA DI ALCUNE PROTEINE COINVOLTE IN MALATTIE COME ALZHEIMER, PARKINSON, CANCRO, ecc....

Per complicare ulteriormente le cose, ricordate che le proteine non sono isolate, ma negli organismi viventi si trovano circondate da molecole di acqua (ambiente acquoso), quindi una simulazione che abbia senso deve tener conto anche delle interazioni tra le molecole di acqua e la proteina. Infine, ogni simulazione deve tenere conto della temperatura. Una proteina può avvolgersi in una determinata maniera a 20°C, ma può avvolgersi in maniera completamente differente a 30°C o a 35°C. Conclusione: al variare della temperatura, il folding della proteina varia di conseguenza.

Adesso, dovreste aver capito come mai anche un velocissimo processore N-core lanciato a 6 GHz, impiega tante ore per effettuare questi calcoli: la mole di lavoro richiesta per una simulazione completa e accurata è davvero impressionante!
 
Ultima modifica da un moderatore:
sono inscritto è già operativo. unico dubbio: se non mettevo lowest possible, quanta potenza della cpu mi sfruttava?
 
Bene ho aggiunto il numero del team nelle impostazioni... Sono anch'io parte del THG Italia Folding@Home Team!!!! :D :love:
Ma adesso mi continua le elaborazioni che aveva già iniziato prima che inserissi il n° del team, vero?
Ciaooooooooooooooo ;)

PS Bello il logo che hai messo Excalibur, non ho visto gli altri ma a me piace molto!!!
 
Ultima modifica:
ok io tra massimo 1-2 giorni entro in azione, il tempo di mettere il nuovo hd e sistemare tutto ;)
 
Ludus ha detto:
sono inscritto è già operativo. unico dubbio: se non mettevo lowest possible, quanta potenza della cpu mi sfruttava?
Clicca per espandere...
Hai usato il client grafico, quindi, immagino. E' già un pezzo che non lo uso più, però i settings son gli stessi:
la potenza della cpu sfruttabile è il parametro "cpu usage percent": se non hai problemi di temperatura (e so che non ne hai ;) ) metti 100%, così ottieni un full load quando entra in funzione il core di calcolo.
Il flag "core priority", quello che va messo su lowest possible (o "idle" per il client console) indica invece che priorità ha il core di calcolo rispetto agli altri processi. In altre parole, se lo lasci su lowest/idle, lui non fa altro che utilizzare il "Ciclo idle del sistema" che vedi in Task Manager.
Diversamente va a ciucciare altri cicli, in maggior numero più è alta la priorità assegnata.

Nel Task Manager vedrai che ci sono due processi: uno è il client, che non occupa risorse (gestisce solo il trasferimento dati e risultati), l'altro (FahCore_78, FAHCore_82, FAHCore_65 o altri) è il core di calcolo vero e proprio, quello su cui viene impostata tale priorità.
 
[Excalibur] ha detto:
Hai usato il client grafico, quindi, immagino. E' già un pezzo che non lo uso più, però i settings son gli stessi:
la potenza della cpu sfruttabile è il parametro "cpu usage percent": se non hai problemi di temperatura (e so che non ne hai ;) ) metti 100%, così ottieni un full load quando entra in funzione il core di calcolo.
Il flag "core priority", quello che va messo su lowest possible (o "idle" per il client console) indica invece che priorità ha il core di calcolo rispetto agli altri processi. In altre parole, se lo lasci su lowest/idle, lui non fa altro che utilizzare il "Ciclo idle del sistema" che vedi in Task Manager.
Diversamente va a ciucciare altri cicli, in maggior numero più è alta la priorità assegnata.

Nel Task Manager vedrai che ci sono due processi: uno è il client, che non occupa risorse (gestisce solo il trasferimento dati e risultati), l'altro (FahCore_78, FAHCore_82, FAHCore_65 o altri) è il core di calcolo vero e proprio, quello su cui viene impostata tale priorità.
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mannaggia!!! non so perchè oggi è birichino il pc, ogni tanto si riavvia :toccato:

avevo giàò fatto 40 elaborazioni ma penso di averle perse perchè è ricominciato da 0 :( cmq entro stasero penso di finire le prime 1000 :D
 
[Excalibur] ha detto:
Per ora il logo che ho messo è uno dei vostri proposti.
Potrà essere cambiato in qualsiasi momento semplicemente contattandomi e fornendomi il link al logo.
Ovviamente decideremo anche il logo definitivo con un sondaggio o una votazione.
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qual'è????ma lo hai visto il mio?????
 
[Excalibur] ha detto:
Eh eh ... occhio a non overcloccare troppo ... vedrai che è un bel test anche questo per la stabilità! ;) :asd: ;)
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no no sono ultrastabile al 100%. ho fatto memtest e superpi 32mb senza problemi. tipo adesso è da due ore che vado avanti senza problemi. tipo la mia proteina è da 1000 frame, ora io sono a 90 (ho giocato a wow quindi ha lavorato poco :p ) ma deve per forza arrivare a 1000, oppure se spengo quando riaccendo mi ricomincia da dove avevo lasciato?
 
Ludus ha detto:
no no sono ultrastabile al 100%. ho fatto memtest e superpi 32mb senza problemi. tipo adesso è da due ore che vado avanti senza problemi. tipo la mia proteina è da 1000 frame, ora io sono a 90 (ho giocato a wow quindi ha lavorato poco :p ) ma deve per forza arrivare a 1000, oppure se spengo quando riaccendo mi ricomincia da dove avevo lasciato?
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Leggi la sezione "For dummies" nel primo post ... :asd:
 
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