L'orario viene per forza resettato, come tutto il BIOS, se non hai la batteria tampone.
Dopodiché, se il PC è impostato per sincronizzare l'ora con la rete (è così di default), appena parte windows (o dopo poco comunque) l'ora si sincronizza con la rete e torna quella corretta. Ma se avvi il PC e vai subito nel BIOS dopo aver tolto l'alimentazione dovresti vedere 00.00.
Detto questo, prova a staccare la corrente così fai il ClearCMOS, poi vediamo... Perchè se non va a posto resettando il BIOS resta solo l'ipotesi di qualche casino software accaduto in windows, ma non è facile capire cosa esattamente sia successo, se non ricordi esattamente quando è iniziato il problema e cosa avevi installato\toccato in quel periodo.