Ciao :)
Innanzitutto le macchine che hai citato sono tutte buone per fare foto e indipendentemente da quale deciderai di prendere cadrai in piedi. Per i video il discorso è un pochettino diverso nel senso che con un budget di 500 euro non si riescono a trovare macchine molto improntate lato video, specialmente se vuoi fare slowmotion. La sony a6000 è l'unica delle tre che non ti permette di fare video in 4k, mentre le altre due sì, fino a 25/30fps, quindi gli slowmotion in quella risoluzione non li puoi fare. Se devi comunque fare piccoli video, ti sconsiglio di girare in 4k perchè produci file di dimensioni enormi che se non ti servono per determinati lavori occupano spazio per nulla. Il FullHD è un'ottima risoluzione che tutte e tre le macchine che hai citato sono in grado di supportare. Inoltre in fullHD puoi girare a 60fps, riuscendo così a creare degli slowmotion. Purtroppo con nessuna delle tre puoi fare slowmotion estremi a 100/120 fps.
Tutte e tre quelle che hai citato hanno sensore APS-C da 24mpx circa, quindi non ci sono grosse differenze tra esse.
La fujifilm X-E3 costa un po' più delle altre, si trova sui 559 solo corpo, quindi poi dovresti aggiungere almeno altri 250/300 euro per un obiettivo.
La canon si trova con obiettivo da kit a 650 euro e sforerebbe un po' il tuo budget.
La sony a6000 sarebbe l'unica in questo momento a 499 con l'obiettivo kit (venduta e spedita da Amazon).
Ti segnalo però un'offerta a tempo (penso solo per oggi) su amazon riguardo la fujifilm X-T100 che viene 469 con obiettivo. Gira anch'essa video in fullHD a 60fps e in 4k a 15fps (15fps sono davvero pochi, quindi è altamente sconsigliato usare quella risoluzione).
Tutti gli obiettivi che trovi in kit in questi modelli si somigliano come qualità, non ce n'è uno che eccelle sugli altri. Quello che ti consiglio quindi è di prendere quella che ti piace di più e poi col tempo andare a comprare obiettivi di qualità superiore rispetto a quelli in kit in quanto è l'obiettivo che alla fine fa la differenza!
La canon non la conosco benissimo, ma se non sbaglio avevo sentito dire che è un po' plasticosa. Le fuji secondo me sono quelle di qualità migliore (posseggo la fujifilm XT30 ed è davvero solita e ben costruita).
Se vuoi andare sull'usato secondo me potresti prendere in considerazione la fujifilm XT2 con in kit il 18-55 f2.8/4. L'obiettivo viene venduto in kit solitamente con determinati modelli fuji, ma è decisamente migliore a molti altri obiettivi da kit (di base infatti costa solo lui 600 euro circa). La fuji xt2 è un'ottima macchina, sostituita ormai dalla xt3, ma che fa foto e video comunque di ottima qualità e non è paragonabile a quelle citate precedentemente (nuova costa almeno il doppio del tuo budget). E' un po' più grossa delle tre che hai proposto, ma non è ai livelli delle reflex, quindi rimane comunque facile da trasportare.
Sconsiglierei l'acquisto di macchine fotografiche usate in quanto potrebbero avere il sensore un po' usurato se sono state scattate tante foto o girati molti video, però si trovano delle ottime offerte e prendere a 500 euro una XT2 con 18-55 (se lo trovi) è un'ottima offerta e ne potrebbe valere la pena :)