Quella indicazione era perchè dici che non sempre è rispettata la curva di rotazione delle ventole.
Nel dubbio puoi guardare quanti pin abbiano i cavi delle ventole e quello della pompa, magari confermando di aver collegato i primi su cpufan e il secondo su pumpfan.
Se un tubo è molto più caldo dell'altro, non ci son balle il liquido non circola (il tubo si scalda perchè il liquido resta lì e quindi si scalda particolarmente) e quindi il dissipatore non dissipa. Questo indipendentemente da quanti rpm delle ventole o della pompa (motivi te l'hanno già scritti sopra).