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certo, con appositi tool, uno dei vantaggi del live CD è che permette di usare il CD/DVD/chiavetta come disco di lettura, quindi l'hard disk interno è visto come una "chiavetta" e puoi farci tutto.
Caos quello che dici è giusto, ma non permette comunque di usare una live e deframmentare sotto windows. L'unica via (ma non ne capisco il senso) è la virtualizzazione ;)