Considerando che prima non avevi questo problema, se diamo per scontato che non hai modificato alcuna impostazione del OS riguardante le prestazioni, direi che il problema sia a livello di alimentazione o di OS.
Comunque tu prova prima a fare come ti ha detto
@Liupen che non costa nulla, io però dubito che sia quello il problema.
Avvia linux da una pennetta usb, poi fai il test di trasferimento file da un hdd alla usb che risulta lenta, se ha buone prestazioni allora il problema è di windows, altrimenti è il pc.
Magari non è la mobo e nemmeno l'alimentatore, ma qualche altra cosa che manda un pò in sovraccarico l'ali (ad esempio una scheda video, una ram, una ventola, se hai attivato l'overclock, ecc)