Il tuo pc utilizza il bus IDE per il collegamento di hard disk e unità ottiche; sono presenti due canali IDE (due connettori sulla scheda madre), i quali possono ospitare un massimo di 2 periferiche ciascuno. Le periferiche connesse a un canale IDE utilizzano un solo cavo (ecco perché hai due periferiche collegate tra loro), e vanno configurate tramite ponticelli presenti sul retro dell'unità; una delle due periferiche va configurata come "Master", l'altra come "Slave", oppure entrambe vanno impostate su "Cable select". Se le impostazioni non concordano (per esempio, tutte e due le periferiche vengono impostate come "Master") si verificano problemi molto seri, in quanto le periferiche vanno in conflitto. Tuttavia non è questo il tuo caso, perché se il pc fino a qualche tempo fa funzionava bene, evidentemente le periferiche sono configurate correttamente e la causa del problema va ricercata da un'altra parte.
Oltre che un controllo degli hard disk, come suggerito da dirklive, ti consiglio anche di testare la memoria ram; un modulo difettoso può causare il mancato avvio di Windows. Scarica Memtest86+ 4.20, masterizza il file ISO su cd e avvia il pc da questo cd, il test partirà automaticamente; lascia che faccia almeno un paio di cicli completi.