Perché dici che non hai le sata III? Io ho letto alcune specifiche del tuo pc, le quali parlano proprio di sata III. Inoltre le porte sata che si vedono nella foto sono 6, due di colore blu e quattro di colore nero: il chipset H67 della tua scheda madre mette a disposizione due porte sata III e quattro porte sata II, direi proprio che il conto torna. ;) Prima di acquistare delle schede di espansione inutili, quindi, prova a installare il disco SSD su una porta blu, al 99% direi che sarai a posto così.
Per quanto riguarda le tue domande:
1) Sì, è consigliabile utilizzare la modalità AHCI. Se si installa Windows in modalità IDE, poi si cambia il controller in AHCI, effettivamente Windows non partirà più; è però possibile aggirare il problema:
- apri l'editor del registro di configurazione (menu Start, digita "regedit" - senza virgolette - nel campo di ricerca e poi dai invio)
- posizionati alla seguente chiave HKEY_LOCAL_MACHINE/System/CurrentControlSet/Services/Msahci
- seleziona la cartella "Msahci", a destra troverai una chiave che si chiama Start, fai doppio click su Start e cambia il valore a 0 (zero)
- dai Invio, chiudi l'editor del registro, riavvia il pc, entra nel bios, imposta il controller sata su "AHCI", salva la modifica ed esci, Windows ora dovrebbe partire normalmente.
2) Il controller era impostato "IDE" oppure "RAID"? Alcuni preassemblati impostano direttamente "RAID": se sei in modalità "RAID" puoi lasciare così, perché la modalità RAID automaticamente imposta il controller sata in AHCI. In pratica impostando "AHCI" imposti il controller in modalità sata nativa, impostando "RAID" imposti il controller in modalità sata nativa con in più la possibilità facoltativa di fare RAID: il "RAID" è un superset della modalità "AHCI".
3) L'allineamento di un disco SSD è la procedura che si effettua con sistemi operativi precedenti a Windows 7 per ottenere una partizione correttamente allineata ai blocchi di memoria di cui è composto il disco SSD. Se la partizione non è correttamente allineata, le prestazioni ne risentono; tuttavia Windows 7 crea nativamente partizioni allineate correttamente, non occorre far nulla.
Sottolineo che se il tuo pc è in modalità RAID, non devi far nulla di quanto indicato nella risposta n.1.