Quel diagramma mostra la suddivisione logica delle componenti fondamentali del sistema.
In realtà quel diagramma non è affatto incasinato, anzi, è estremamente pulito e lineare.
Non sono sicuro di aver capito cosa vuoi dire, le app Win32 non hanno modo di passare alla gui Metro, non sanno neppure cosa sia Metro e neppure volendo possono usare le componenti Metro o WinRT.
Questa è una domanda più che legittima, e forse è come dici, ci vorranno anni, non dieci ma neppure due o tre.
WinRT è nato perché Win32 su architettura ARM consumava troppo la batteria e non aveva le performance necessarie in termini di fluidità della UI.
Purtroppo per ora è troppo limitato per pensare di scriverci applicazioni serie.
Evolverà in futuro? Di certo non cambierà nulla tra oggi e l'RTM, credo bisognerà aspettare Windows 9 o forse anche Windows 10.
Per quella volta Windows interesserà ancora al mercato consumer? Mah vedremo... molti ne dubitano e tutto sommato a ragion veduta.