Si, eliminerà fisicamente i dati che avevi prima di creare il volume di ripristino.
Molte persone pensano di creare unità di ripristino non sapendo che i dati vengono cancellati, almeno dal filesystem, ma in realtà in gran parte ci sono ancora a livello fisico.
Ora, se hai commesso questo errore puoi ancora recuperarli almeno in gran parte, ma se giochi ancora su quel disco facendo ripartizioni varie o altra roba, peggiorerai la situazione.
Se non hai dati da recuperare, reinizializza il disco e riformatta, magari in NTFS.