abbiamo avuto lo stesso problema io e un mio amico tempo fa..
un hd che aveva funzionato perfettamente fino a quel momento, durante l installazione di windows non ne voleva sapere di andare!!
l unica cosa che siamo riusciti a fare, è di installare il tutto su un altro hd di scorta e poi copiarlo interamente sull altro hd con true image..
per me puoi provare a far partire dal boot Gparted live, e fare la partizione da li invece che da tool windows