Se si comporta ancora allo stesso modo, prova con un sistema operativo pulito, appena installato.
Non voglio consigliarti di reinstallare l' OS su uno degli hdd che stai usando, col rischio magari di perdere i dati se non fai attenzione...
Il mio consiglio è di installare l' OS su un hdd nuovo (se ce l'hai) o su uno che non utilizzi più e da cui hai preventivamente controllato e copiato tutti i dati altrove.
Se anche con un sistema appena installato si comporta allo stesso modo, direi che il suono di una nuova periferica usb appena connessa al sistema che senti quando il monitor entra/esce dallo standby è da considerare come un segnale di avvertimento che la scheda madre non sta lavorando come si deve, cioè come difettosa.