Il problema dovrebbe essere risolvibile da terminale, ma si tratta di una azione complessa di cui occorre essere molto pratici per evitare di combinare guai.
Io suggerisco: 1- prova a riparare i permessi. Su El Capitan non lo puoi più fare :muro: (fino a Mavericks si) e, per evitare di farlo ancora via terminale, scarica Onyx e, una volta installato, segui "ripara permessi"; 2 - reinstallando il sistema