Se l'hai installato dentro Windows 7 come hai detto lo devi aver installato per forza con Wubi. Quindi la partizione non è stata toccata.
Ho cercato la natura dell'errore «mtmgr missing» ma non ci sono tracce sul web di un tale problema. Se non riesci ad accedere a windows avvialo da recovery mod. Non so se sia possibile (non avendone mai fatto uso), ma se è possibile disinstalla Ubuntu come se fosse un normale programma (dal pannello di controllo) oppure prova a seguire la procedura di ripristino del MBR.
Edit: Scusa, non avevo letto gli ultimi due messaggi. Fai come hai detto.