Allora,
Da Android: se un'applicazione è installata nella memoria interna, per Android risulterà tutta installata nella memoria interna, non avrai quindi nessuna voce relativa ad applicazioni su SD. Un'app collegata con link2sd, da android la vedrai comunque come se fosse installata sulla memoria interna quindi Android non ti darà nessuna ulteriore informazione.
Da Link2sd: guardando la lista delle app da link2sd vedrai esattamente dove l'app si trova e potrai decidere se lasciarla nella memoria interna, se collegarla alla partzione da te creata o addirittura (sconsigliato, usa sempre solo collega) se spostarla su sd. Oppure spostarla da sd a memoria interna per poi collegarla, oppure lasciarla su sd e collegarla comunque. Dal momento in cui installi link2sd, il modo più affidabile per vedere dov'è lapp, è tramite link2sd che vede tutte le partizoni (memoria interna, scheda sd, partzione esterna da te creata).