Beh, per java tutto dipende da che JDK hai intenzione di usare, comunque direi che si, ci sono aggiornamenti, ma sono solo per quanto riguarda le funzioni, non il modo di programmare! (quindi puoi sempre imparare a fare servlet e simili e poi controllare sulle API della versione del Jdk che usi se ci sono metodi migliori per fare quello che fai.
JavaScript l'unica cosa che ti serve guardare sono le varie documentazioni dei browser: sei vuoi fare applicazioni portabili su + server (i.e., mozilla, netscape, opera... ecc) devi cercare o di scrivere le Js senza utilizzare metodi proprietari di una versione (difficilissimo date che per alcune cose diversificano persino sulla chiamata degli eventi) altrimenti fai degli script in cui prima di essere eseguiti, riconoscano che browser è e facciano partire le funzioni adatte!
Buon divertimento
