La formattazione risolve il problema solo in apparenza, quindi anche se formatti il C, poi ti ritroverai nella stessa situazione di adesso.
Riguardo al WD da 3 TB col filesystem danneggiato, sarebbe necessario effettuare una clonazione a basso livello su un nuovo hdd e poi lavorare su quello con R-Studio.
Con R-studio dovresti fare una scansione completa del drive, ma ripeto, il problema è a livello fisico, quindi dovresti prima effettuare una clonazione dell'intera superficie altrimenti il programma potrebbe bloccarsi durante la scansione oppure si potrebbero addirittura danneggiare le testine.
Una volta terminata la scansione dell'unità in r-studio, salvi il risultato in un file .scn ed estrai i dati su un terzo hdd usando la versione completa del programma (quindi dovresti acquistare la licenza).
P.S.
Se i dati sono molto importanti, ti consiglio di rivolgiti presso una ditta di recupero dati dove potranno effettuare una clonazione hardware (che è più sicura).