Prova a vedere se quando ti va a scatti ti satura la ram, e in tal caso controlla se hai il file di paging attivo, in caso non lo sia attivalo e riprova.
Io quando avevo 8gb di ram se lasciavo firefox aperto con una dozzina di schede mi andava in saturazione la ram e il sistema ricorreva al file di paging.
Poi prova a far partire fraps e vedere se gli "scatti" di cui parli corrispondo ad un effettivo drop di fps.
Dovresti anche provare a vedere se questi cali te li fà dappertutto nella mappa, guarda specialmente se te li fa anche quando per esempio sei in casa (dove gli fps sono generalmente più alti).
Poi come ti hanno già detto un video sarebbe meglio di mille parole, fallo con fraps avviato così possiamo renderci conto meglio del problema.
Prova anche ad attivare il vsync.