No, perché l'installazione di un programma non comporta solamente la creazione di una cartella dove vengono copiati i file necessari al suo funzionamento; l'installazione crea anche tutta una serie di voci nel registro di Windows, senza contare che in alcuni casi vengono create altre cartelle, in genere sotto "File comuni" o "Common files". Il paragone che faccio in questi casi è quello di un albero: quando si pianta, crescendo esso si radica profondamente dove è nato; se si tagliano le radici "formattando" la terra, poi è impossibile sperare che riesca a vivere spostandolo da un'altra parte. Analogamente, un programma si radica a fondo nel sistema operativo dove viene installato, e se si formatta il disco e si reinstalla il sistema, è difficile, se non impossibile, sperare che il programma, pur essendo gran parte residente in un altro hard disk, possa ancora funzionare correttamente.
Per quanto riguarda Windows 8.1, se lo vuoi installare da zero ti conviene cercare su internet un'immagine ISO del dvd di installazione (ampiamente reperibile ;)). Occhio solo che l'immagine sia quella giusta, in genere vengono indicati i codici di controllo MD5 e/o SHA1 con cui controllare. Per installare Windows 8.1 non potrai utilizzare direttamente il tuo product key di Windows 8, ne dovrai usare uno generico (anche questo facilmente reperibile), poi, una volta installato il sistema, dovrai andare sotto "Attivazione di Windows", cambiare il product key generico con il tuo, che verrà accettato, e quindi attivare Windows.