Premettendo che è comunque una scelta poco sensata acquistare un preassemblato quando con pochi € gli shop online te lo mandano a casa già assemblato ma con i pezzi che decidi tu, l'ssd msata in questo caso funge da cache per il so. E' un'accoppiata simil raid che fa intel (non ricordo il nome ma ce l'avevo anche sul mio portatile). Non è una soluzione malvagissima (di sicuro meglio di un sshd che è una tecnologia nata male e morta peggio) ma perde di inutilità rispetto ad un ssd singolo + hdd.
Detto ciò tu non dovrai fare niente perchè il pc, essendo già pronto così com'è, avrà già tutto correttamente impostato per utilizzare l'msata come ausilio per il boot e le operazioni nel so. La differenza comunque si vede rispetto ad avere solo un hdd ma, ripeto, con un ssd non c'è paragone.