Guarda io non sono un esperto...
Win ME e WIN 98 hanno un diverso file system da WIN2000, un Fat 32.
Quindi puoi decidere se vuoi tenere fat32 e in questo caso se vuoi passare a win2000 fai attenzione a scegliere, se invece vuoi passare a ntfs (win2000) fai il backup perchè formatta e cancella tutto, reinstallando l'intero sistema...
Non so quale sia bene la differenza tra fat32 e ntfs: la microsoft dice che ntfs sia più sicura per i dati ma sinceramente non ho mai approfondito...