Ci sono milioni di modi per fare questa cosa, anche con tmpeg+fireworks si può fare. Io ti spiego come faccio io usando due software free: Avidemux + Gimp
Prima di tutto bisogna vedere in che formato sono i video, avidemux non apre formati proprietari, quindi converti in avi o mpeg, oppure usa tmpeg o virtualdub.
1) Apri il video col programma che vuoi, selezioni la parte che vuoi (anche tutto il video) e esporti le immagini.
2) Ti sposti nella cartella nella quale hai salvato le immagini, le selezioni tutte e apri un programma di grafica creando un nuovo file al quale dai come dimensioni la larghezza delle immagini e ci trascini dentro tutti i frame. Si formeranno tanti livelli quante sono le immagini.
A questo punto puoi fare quello che vuoi, se selezioni tutti i livelli puoi ridimensionarli per fare la gif più piccola, puoi smanettare come ti pare con i livelli e poi salvi come gif animata e scegli il ritardo tra un frame e l'altro ;)
La procedura può differire a seconda dei programmi che usi, ma grosso modo è questa.