Quelli più piccoli, che di solito si trovano in confezioni parzialmente o totalmente trasparenti che lasciano vedere l'HD col suo case in plastica o alluminio, sono da 2.5". Come dice Irvine F, si alimentano direttamente dalla presa USB (senza collegare alimentatori esterni ad una presa di corrente), sono più leggeri (oltre che compatti) e per questo sono i più trasportabili e pratici da utilizzare. In parole povere, sono gli HD da notebook/netbook resi esterni.
Gli HD da 3.5" sono quelli da PC fisso, sostanzialmente: più ingombranti e pesanti, resi esterni. Richiedono di essere collegati alla presa di corrente per l'alimentazione e la portabilità non è proprio il loro forte.
L'HD alimentato esternamente è pratico e conveniente comprarlo (anche per il prezzo costano un pochino di meno rispetto agli autoalimentati da 2,5") se lo utilizzeresti sempre o quasi accanto ad un PC fisso (o televisione, o PC multimediale), senza portartelo a spasso per la casa o fuori casa, e se lo usi principalmente per l'immagazzinaggio frequente di file voluminosi. Se almeno una di queste condizioni viene meno, allora opta per un HD portatile autoalimentato (da 2.5") che è leggermente meno prestante, ma è infinitamente più pratico.
Marche consigliate: Western Digital (WD), Hitachi (ma esterni non so quanto siano facili da trovare; bisognerebbe prendersi HD + box esterno), Toshiba. Evitare assolutamente: Seagate, Maxtor; aggiungerei Samsung per il fatto che ora i suoi HD sono prodotti negli stabilimenti Seagate (fino ad 1 anno e mezzo fa se li faceva da sé, ed erano molto buoni...scelta a mio parere folle, ma tant'è). I Verbatim hanno dentro HD prodotti da una di queste marche; può andarti bene e trovarti dentro un WD, ma potrebbe anche andarti male e trovarti dentro un Seagate, e questo lo puoi sapere solo comprandolo e smontandolo. Gli Iomega dovrebbero di solito montare i WD al proprio interno (almeno fino ad un paio di anni fa), ma non c'è certezza, vale un po' il discorso dei Verbatim.