No, se dai comandi sul terminale con sudo davanti, stai attento, perché stai eseguendo quel programma/script o quello che sia con i permessi di root. Però per fare certe operazioni hai bisogno di sudo, tipo quando devi installare un software, aggiornare, usare synaptic etc... chiuso il software, sei un utente normale. Comunque, per molti script se non gli dai i permessi di esecuzione, neanche con sudo riesci ad eseguirli, ecco perché è molto più difficile essere infettati su Linux, il sistema è organizzato e ha sistemi di sicurezza maggiori (permessi, apparmor, SELinux etc...), che puoi aumentare in proporzione al rischio di attività che vai a fare, ad esempio sui server, desktop aziendali etc...