Più che altro perchè non si ha la certezza che ci sia alcun rootkit. E' come voler cercare per forza qualcosa che magari non c'è. Se il sintomo del virus è esclusivamente quello di allungare il boot per due secondi non mi sembra un gran virus. Il pc è veloce, non si blocca mai, si avvia molto velocemente e carica subito i programmi. Se avessi avuto la certezza del rootkit allora daccordo.
Provavo a fare una scansione con GMER. Se trova qualcosa magari vedo di risolvere altrimenti mi sembra inutile e strano che nessun software antirootkit trova niente.