Dici che è comunque una pessima idea?
non proprio pessima, ma insomma, non l'ideale;
allora non devi terminare l'installazione di Windows, ti basta arrivare al punto in cui l'installer ti fa creare le partizioni, ne crei una e la fai formattare e sei a posto, poi puoi spegnere, ricolleghi l'HDD e controlli che esplora file questa volta lo rilevi; se lo vedi da Windows puoi clonarlo.
Lo spostamento non implcia una nuova licenza perché l'hw di base (fondamentalmente la scheda madre) rimane lo stesso; anche se tu installassi, ti basterebbe installare senza mettere nessuna chiave, dopo l'ultimo riavvio il sistema verrebbe attivato la prima volta che ti colleghi a Internet