OK con le temperature, non hai mai superato i 40 gradi (ho fatto una normalizzazione a spanne dei valori - per eccesso - ma non importa, sei palesemente "al fresco"): questo esclude la causa più evidente che mi è venuta subito in mente per tutta questa faccenda, cioè il calore, che ipoteticamente può compromettere permanentemente la viscosità della meccanica di un HDD anche quando si torna a temperature più basse (ma siamo con scottature oltre i 60 gradi...).
io penso che in entrambi le configurazioni con la scheda madre si siano semplicemente sballati ma non so come risolverli..
Francamente lo escludo con forza... In sedici anni di assemblaggi (non per professione, che forse è peggio perché amici e parenti si aspettano che tu gli faccia un bel lavoro...), mai riscontrato problemi del genere e considera che non siamo più nell'epoca in cui cambiare slot significava possibili conflitti IRQ delle periferiche (e poi... come può concretizzarsi in un aumento della rumorosità, tra l'altro sia di hdd che di scheda video?)
Quindi, Finalblade, premesso che il tuo è uno di quei problemi dove si mescolano diversi fattori, cause e concause, non ultima la sensibilità soggettiva (sentissi il mio Hdd Seagate com'è "silenzioso"... Ogni volta che le testine si muovono, sembra di tirare lo sciacquone), io procederei come segue:
Assicurati prima di tutto, visto che denunci un aumento improvviso di rumorosità, che l'HDD sia in perfetta salute. Hai verificato con "Crystal Disk Info" o "Speed Fan" che tutti i parametri SMART riportino la dicitura "OK" od il colore blu? Gli Hdd nuovi, purtroppo, mi pare entro l'anno o due di vita, sono statisticamente i più soggetti a rotture improvvise credo per difetti di fabbricazione, ecco perché insisto su questo punto.
Se i paraqmetri smart sono tutti OK (nessun "fail"), allora procedi facendo un test con "Data LifeGuard Diagnostics", che è la diagnostica approfondita per dischi WD. Se anche qui non hai nessun errore (quindi non c'è particolare necessità di contattare il sevizio clienti WD per richiedere un codice RMA e farti sostituire il drive), allora non vedo altra strada che provare a rispostare sia HDD che la scheda video nella stessa posizione o slot di prima e rimettere tutto come quando "non facevano rumore". Riposiziona, se l'hai spostato, anche l'intero PC nella stessa posizione di prima. So che è un lavoraccio, ma considera che un componente o persino l'intero PC può assumere diverse rumorosità persino se spostato di POCHI CENTIMETRI rispetto a prima da angoli interni del case, da muri della casa, o anche spostando la testa o mettendo mani dietro alle orecchie, ecc. Lavoro come tecnico DAW e ti assicuro che ci sono davvero grandi differenze in base alla riflessioni delle onde sonore e al modo in cui ti giungono alle orecchie. Visto che il tuo PC non soffre particolarmente il calore, considera anche di usare spugne fonoassorbenti sul case e/o di iniziare a provare montando l'Hdd e la scheda video con rondelle gommate.
Ci sono davvero tanti fattori acustici e psicoacustici, ammesso che l'Hdd sia in perfetta salute, che è il prerequisito per qualsiasi ulteriore indagine della causa di rumore comparso improvvisamente. Per la scheda video, il discorso è ancora più vago perché il rumore dipende dalle RPM delle ventole: può benissimo anche essere che cambiarla di posizione (magari l'hai abbassata?) abbia aumentato leggermente il calore e quindi la rotazione delle ventole, oppure hai aumentato l'effetto "conchiglia" causato dagli angoli interni del case. Nella registrazione ho comunque sentito rumori di ventole assolutamente nella norma, quasi non li sentivo, e per l'Hdd, se il sibilo è piuttosto forte poteva essere un problema per esempio di viscosità o comunque un'anomalia come riportato anche sul sito ufficiale Western Digital, ma se il sibilo resta basso come il tic tac di un orologio-sveglietta rumoroso, è assolutamente nella norma ed è il rumore elettrico del motorino che fa girare i piatti (la registrazione immette un grado di amplificazione che non mi permette di capire l'intensità dei suoni in termini assoluti).
Penso che però il punto fermo della situazione sia, prima di tutto, assicurarsi della perfetta salute dell'HDD, visto che - invece - il discorso scheda video è persino più vago e strettamene legato al rumore ventola, che a sua volta è strettamente legato al calore e posizione scheda video o a deliberati settaggi manuali errati della velocità della ventola tramite l'utility ATI - mi riferisco a quando c'era la sezione overclock del Catalyst Control Center dove potevi modificare deliberatamente la velocità ventole GPU via software (non credo sia questo il tuo caso e comunque non conosco i possibili settaggi dei nuovissimi driver "ATI Crimson" della tua scheda. Al massimo butta un occhio anche lì, se esiste ancora una sezione per regolare le ventole a mano. Attento però ad eventuali avvisi di accesso a settaggi avanzati che invalidano la garanzia e legati all'overclock).
Devo anche aggiungere che per questi problemi "particolari" è persino più difficile trovare soluzioni a distanza... Per questo sarebbe bello anche sentire il parere di qualcun altro amico del forum, magari con ipotesi migliori delle mie :)