Si, anche per me la cosa migliore è buttare tutto il superfluo e rimontare tutto con calma, Poi quando è sistemato rimetti le ventole ecc.
Nel manuale della MOBO trovi nella parte bassa tutti i relativi attacchi per i "cavi piccoli", cioè HD led, Power led, Tasto ON, Tasto Reset, eventuali USB, ecc.
Mi sembra che tu abbia scambiato il cavo HD led con il power led, ecco perchè rimarrebbe sempre acceso.
Il led HD dovrebbe essere acceso ma ogni tanto dovrebbe anche lampeggiare.
Prova a controllare.