la risposta e già nella tua domanda. il case ha dei connettori usb mentre la mobo ha integrato il controller usb. la versione usb dipende dal controller e non dal connettore, per cui non ti devi preoccupare. se la tua mobo supporta usb2.0 e ci colleghi i connettori del case, essi saranno usb2.0.
ovvio che si parla di connettori. se il tuo case monta hub o cose + evolute è 1 altro discorso... :)