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Di solito lo si fa da dos se per qualche motivo non riesci ad accedere a windows o hai bisogno di fare la procedura sul disco in determinati casi.
Scarica hdd low level format e fai una formattazione con quello, tanto l'hdd è in buona salute e non hai particolari necessità di usare il programma proprietario. Anzi, nel tuo caso basterebbe anche la formattazione lenta di windows.