Non cambia assolutamente nulla,l'importante e' che quando installi nuovi programmi specifichi all'installer di metterli nella partizione primaria dove si trova il sistema operativo,sempre se non lo fa gia da solo... (questo a meno che non decidi di installare i programmi sul secondo hd,cosa fattibile pure quella,basta che siano effettivamente due hd e non due partizioni dello stesso hd!)